This is how scientists detect new variants of COVID-19. July 2021.  Zo ontdekken wetenschappers nieuwe varianten van COVID-19. juli 2021.

This is how scientists detect new variants of COVID-19. July 2021. Zo ontdekken wetenschappers nieuwe varianten van COVID-19. juli 2021.

Douglas Broom Senior Writer, Formative Content
Scientists have discovered a new COVID variant in South Africa.
This is an experimental feature. Some words or names may be mispronounced. Does it sound good? have discovered a small number of cases of a new COVID variant. They’re working to understand its potential implications but told a news conference that it had a ‘very unusual constellation’ of mutations.

They’re concerned that they could help it evade the body’s immune response and make the variant - named B.1.1.529 - more transmissible.

These scientists are part of a global network of government scientists and academics searching for new strains of COVID-19, like this and other previous variants - like Delta.

So how do scientists identify and track new COVID variants as they arise?

Viruses are microscopic parasites that can’t survive for long outside the body of a host animal. As living organisms, they are much smaller than bacteria – the polio virus, for example, is 10,000 times smaller than a grain of salt.

But they do have their own DNA or RNA (Deoxyribonucleic acid and Ribonucleic acid), the building blocks of life.

This allows them to mutate into new forms. In the case of SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19, scientists have so far identified four variants that have been classified as being of concern because they spread more easily, are more virulent or resistant to vaccines.

So how are they detected? Alpha as an example

The UK or Alpha variant of the COVID-19 virus was first seen in Kent, southeast England, in September 2020. Dr Meera Chand was one of the epidemiologists monitoring the situation. “We immediately knew we had found something very concerning,” she said in a post on the Public Health England website.

“Normally when you’re looking at samples you would expect to see lots of small clusters made up of multiple strains that are all slightly different. But when we looked at Kent, we saw about 50% of the samples were extremely similar, forming one massive cluster.”

So a team including specialists was quickly assembled to study the characteristics of the Kent samples. But they had a problem. Not enough samples had undergone full genome sequencing.

A scientist works on sequencing the genome of a COVID-19 variant at the Wellcome Sanger Institute, Cambridge, UK.
Image: REUTERS/Dylan Martinez

Help came from an unexpected quarter. Staff at local ‘lighthouse’ labs, where thousands of samples a day are tested, noticed a problem. Their tests were failing to pick up a gene which they expected to see. In fact, the missing gene turned out to be characteristic of the new COVID variant.

“Initially they thought there was an issue with the test. It wasn’t working, and the rate at which it wasn’t working was increasing very steeply,” said Dr Chand. “Identifying cases through the lighthouse labs was a huge leap ahead.”

Not least because whole genome sequencing takes time, and it quickly became clear that the new variant was spreading rapidly.

Are all mutations dangerous?

The U.S. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) defines mutations as “changes in the genetic code of a virus that naturally occur over time when an animal or person is infected”.

“Most of the genetic changes we see in this virus are like the scars people accumulate over a lifetime – incidental marks of the road, most of which have no great significance or functional role,” says Professor Stuart Ray of Johns Hopkins University School of Medicine.

“When the evidence is strong enough that a viral genetic change is causing a change in the behaviour of the virus, we gain new insight regarding how this virus works.”

Do vaccines protect against variants?

It’s too early to tell whether vaccines will offer the same level of protection against B.1.1.529 as they do against previous COVID variants.

But, vaccine makers, like Pfizer, have been preparing for a scenario where a new COVID variant is able to evade immunity established by existing vaccines and previous infection.

However, existing vaccines have continued to offer protection against other variants, such as Delta.

“The good news is that all of the WHO emergency use-listed vaccines do protect against developing severe disease, hospitalization and death due to the Delta variant,” said Dr Soumya Swaminathan, the World Health Organization’s chief scientist, on 1 July.

Variants:

Below we see a list of variants that have been devised by the WEF. We can see that they are ahead of schedule.


Nederlands

Inleiding:

De onderstaande tekst komt van de WEF website. Datum van publicatie 12 juli 202. Duidelijk is dat in juli al duidelijk was dat de nieuwe variant eraan zat te komen. Alles volgens de agenda van het WEF. 

Wetenschappers hebben een nieuwe COVID-variant ontdekt in Zuid-Afrika.
Dit is een experimentele functie. Sommige woorden of namen kunnen verkeerd worden uitgesproken. Klinkt het goed? een klein aantal gevallen van een nieuwe COVID-variant hebben ontdekt. Ze werken eraan om de mogelijke implicaties ervan te begrijpen, maar vertelden op een persconferentie dat het een 'zeer ongebruikelijke constellatie' van mutaties had.

Ze zijn bezorgd dat ze het kunnen helpen de immuunrespons van het lichaam te omzeilen en de variant - genaamd B.1.1.529 - beter overdraagbaar te maken.

Deze wetenschappers maken deel uit van een wereldwijd netwerk van overheidswetenschappers en academici die op zoek zijn naar nieuwe varianten van COVID-19, zoals deze en andere eerdere varianten - zoals Delta.

Dus hoe identificeren en volgen wetenschappers nieuwe COVID-varianten wanneer ze zich voordoen?

Virussen zijn microscopisch kleine parasieten die niet lang buiten het lichaam van een gastdier kunnen overleven. Als levende organismen zijn ze veel kleiner dan bacteriën - het poliovirus is bijvoorbeeld 10.000 keer kleiner dan een korrel zout.

Maar ze hebben wel hun eigen DNA of RNA (desoxyribonucleïnezuur en ribonucleïnezuur), de bouwstenen van het leven.

Hierdoor kunnen ze muteren in nieuwe vormen. In het geval van SARS-CoV-2, het virus dat COVID-19 veroorzaakt, hebben wetenschappers tot nu toe vier varianten geïdentificeerd die als zorgwekkend zijn geclassificeerd omdat ze zich gemakkelijker verspreiden, virulenter zijn of resistent zijn tegen vaccins.

Dus hoe worden ze gedetecteerd? Alfa als voorbeeld

De UK- of Alpha-variant van het COVID-19-virus werd voor het eerst gezien in Kent, Zuidoost-Engeland, in september 2020. Dr. Meera Chand was een van de epidemiologen die de situatie in de gaten hield. "We wisten meteen dat we iets heel zorgwekkends hadden gevonden", zei ze in een bericht op de website van Public Health England.

"Normaal gesproken zou je bij het bekijken van monsters veel kleine clusters verwachten die bestaan ​​uit meerdere soorten die allemaal net iets anders zijn. Maar toen we naar Kent keken, zagen we dat ongeveer 50% van de monsters extreem op elkaar leken en één enorme cluster vormden.'

Heb je gelezen?

Er werd dus snel een team samengesteld met specialisten om de kenmerken van de Kent-monsters te bestuderen. Maar ze hadden een probleem. Niet genoeg monsters hadden volledige genoomsequencing ondergaan.

Een wetenschapper werkt aan de sequentiebepaling van het genoom van een COVID-19-variant bij het Wellcome Sanger Institute, Cambridge, VK.
Afbeelding: REUTERS/Dylan Martinez

Hulp kwam uit onverwachte hoek. Medewerkers van lokale 'lighthouse'-labs, waar duizenden monsters per dag worden getest, merkten een probleem op. Hun tests slaagden er niet in een gen op te pikken dat ze verwachtten te zien. Sterker nog, het ontbrekende gen bleek kenmerkend te zijn voor de nieuwe COVID-variant.

“Aanvankelijk dachten ze dat er een probleem was met de test. Het werkte niet, en de snelheid waarmee het niet werkte, nam zeer steil toe”, zei dr. Chand. "Het identificeren van gevallen via de vuurtorenlabs was een enorme sprong voorwaarts."

Niet in de laatste plaats omdat het sequencen van het hele genoom tijd kost, en al snel werd duidelijk dat de nieuwe variant zich snel verspreidde.

Zijn alle mutaties gevaarlijk?

De Amerikaanse Centers for Disease Control and Prevention (CDC) definieert mutaties als "veranderingen in de genetische code van een virus die van nature optreden in de loop van de tijd wanneer een dier of persoon wordt geïnfecteerd".

"De meeste genetische veranderingen die we in dit virus zien, zijn als de littekens die mensen gedurende hun leven ophopen - incidentele sporen van de weg, waarvan de meeste geen grote betekenis of functionele rol hebben", zegt professor Stuart Ray van de Johns Hopkins University School of Medicine .

"Als het bewijs sterk genoeg is dat een virale genetische verandering een verandering in het gedrag van het virus veroorzaakt, krijgen we nieuw inzicht in hoe dit virus werkt."

Beschermen vaccins tegen varianten?

Het is te vroeg om te zeggen of vaccins hetzelfde beschermingsniveau tegen B.1.1.529 zullen bieden als tegen eerdere COVID-varianten.

Maar vaccinmakers, zoals Pfizer, hebben zich voorbereid op een scenario waarin een nieuwe COVID-variant in staat is om de immuniteit te omzeilen die is ontstaan ​​door bestaande vaccins en eerdere infecties.

Bestaande vaccins blijven echter bescherming bieden tegen andere varianten, zoals Delta.

"Het goede nieuws is dat alle door de WHO op de lijst geplaatste vaccins voor noodgevallen bescherming bieden tegen het ontwikkelen van ernstige ziekten, ziekenhuisopname en overlijden als gevolg van de Delta-variant", zei dr. Soumya Swaminathan, hoofdwetenschapper van de Wereldgezondheidsorganisatie, op 1 juli.

Varianten: 

Hieronder zien we een lijst met varianten welke door de WEF bedacht zijn. We kunnen zien dat ze voor op schema liggen.